Embora não houvesse a institucionalização de tribunais similares ao "Santo Ofício" católico, protestantes caracterizaram julgamentos inquisitórios tão ou mais cruéis. Crimes como adutério, discordância dos dogmas protestantes e bruxaria foram, em muitos casos, passíveis de morte, muitas delas em fogueiras.
Na Alemanha Lutero exigiu perseguição aos anabatistas por divergirem em relação ao batismo. Lutero também divulgou textos criticando os judeus. Esses textos foram amplamente utilizados durante o Nazismo, quase sempre para justificar o antisemitismo.
Em Genabra (Suíça), onde a reforma protestante se mostrou mais radical, João Calvino instituiu uma verdadeira "polícia de fé". Calvino, que devido a sua autoridade era conhecido como "o Papa de Genebra", ao organizar a igreja presbiteriana, fundou um verdadeiro aparato de fiscalização da fé que envolvia, entre outras coisas, espionagem, tortura, julgamento e morte. Essa versão protestante da inquisição liderada por Calvino, foi, em muitos casos, mais pragmática do que a original inquisição católica.
Na Inglaterra, pós anglicanismo, uma verdadeira caça às bruxas levou a morte centenas de mulheres acusadas de feitiçaria. Essa experiência de "caça as bruxas" inglesa foi exportada para as suas colônias na América do Norte, como no famoso epsódio das "Bruxas de Salem", onde várias adolescentes foram mortas acusadas de fazerem reuniões em volta de uma fogueira, onde supostamente invocavam espíritos.
Parece estar mais que claro que a intolerância religiosa se fez presente tanto no meio católico quanto no meio protestante. Nesse caso, é possível afirmar que o cristianismo, embora tenha passado por mudanças consideráveis ao longo dos séculos, nasce fortemente enraizado em um solo de intolerância.
